Mapa del Imperio Español en la época de Felipe II

Felipe II empieza a gobernar en 1.556 con un ideario muy similar al de su padre: fortalecer el catolicismo y engrandecer el poderío hispánico.

Desde 1.566, el problema central de la política exterior de Felipe II fue Flandes. El conflicto de los Países Bajos era la suma de las aspiraciones de autonomía política de la nobleza flamenca, encabezada por Guillermo de Nassau y el Conde de Egmont. La intransigencia de Felipe II ante la libertad de cultos fue total y las medidas militares fueron la respuesta, enviando al Duque de Alba, primero, y Luis de Requesens, más tarde, para sofocar la rebelión por medio de los tercios de Flandes. El conflicto se internacionalizó por la ayuda que Guillermo de Nassau recibió de Inglaterra, de los protestantes alemanes y de los protestantes franceses. En los Países Bajos se dirimía algo más que un problema regional. Al final, el país quedó dividido entre una zona norte de mayoría protestante, y una zona sur mayoritariamente católica.

El apoyo dado por los ingleses a los rebeldes flamencos supuso un cambio en las relaciones con Inglaterra. En el primer período de su reinado, Felipe II había mantenido buenas relaciones, pues estaba casado con la reina de Inglaterra María Tudor. La muerte de esta última y la subida al trono de Isabel I varió el panorama. La nueva reina ofreció su apoyo a los calvinistas flamencos y animó los ataques de los corsarios ingleses. Felipe II decidió el ataque a las propias islas.

Pero quizá lo más espectacular del reinado de Felipe II fue la unión con Portugal, que configuró no sólo la unidad territorial peninsular, sino la de todos los dominios americanos y africanos de ambas potencias.

El mantenimiento del Imperio en Europa y América iba a provocar fuertes tensiones en el interior peninsular:

- Los disturbios de Aragón en defensa de sus fueros indican hasta qué punto estaba poco unida la Monarquía católica a finales del siglo XVI. La falta de un sentimiento de unidad nacional entre sus distintos componentes era patente. La preparación del conflicto venía de tiempo atrás y estaba relacionada con la tenaz defensa que los aragoneses hacían de sus fueros y con un cierto sentimiento anticastellano desarrollado entre la población.

Felipe II vivió casos de conflictividad. El descontento de los moriscos de las Alpujarras tuvo dos bases fundamentales. Por un lado, el progresivo empeoramiento de sus condiciones materiales de vida: fuertes impuestos sobre la producción sedera e importantes expropiaciones de sus tierras por parte de la Corona. Por otro lado, la permanente presión de la Corona para anular sus diferencias culturales económicas y religiosas. Finalmente, en 1.609, bajo el reinado de Felipe III, se decidió la expulsión de los moriscos de España